आयोगको काम, कर्तव्य र अधिकार देहाय बमोजिम हुनेछः –
(क) मुस्लिम समुदायको समग्र स्थितिको अध्ययन गरी तत्सम्बन्धमा गर्नु पर्ने नीतिगत, कानूनी र संस्थागत सुधारका विषयमा नेपाल सरकार समक्ष सिफारिस गर्ने,
(ख) मुस्लिम समुदायको हक हितको संरक्षण र सम्बद्र्धन तथा त्यस्तो समुदायको सशक्तीकरणका लागि राष्ट्रिय नीति तथा कार्यक्रमको तर्जुमा गरी कार्यान्वयनका लागि नेपाल सरकार समक्ष सिफारिस गर्ने,
(ग) मुस्लिम समुदायको हक हितको संरक्षण र सम्बद्र्धन तथा त्यस्तो समुदायको सशक्तीकरणका सम्बन्धमा भएका व्यवस्था प्रभावकारी रूपमा कार्यान्वयन भए नभएको विषयमा अध्ययन अनुसन्धान गरी प्रभावकारी कार्यान्वयन गर्न चाल्नु पर्ने कदमका सम्बन्धमा नेपाल सरकारलाई सुझाव दिने,
घ) मुस्लिम समुदायको हक हितको संरक्षण र सम्बद्र्धन तथा त्यस्तो समुदायको सशक्तीकरणका सम्बन्धमा भइरहेका नीतिगत, कानूनी तथा संस्थागत व्यवस्थामा गर्नु पर्ने सुधारका सम्बन्धमा नेपाल सरकारलाई सुझाव दिने,
(ङ) मुस्लिम समुदायसँग सम्बन्धित नीति तथा कार्यक्रम कार्यान्वयनको समीक्षा, अनुगमन तथा मूल्याङ्कन गर्ने,
(च) आयोगले गरेका सिफारिस वा दिएका सुझाव कार्यान्वयनको सम्बन्धमा अनुगमन गर्ने वा गराउने,
(छ) मुस्लिम समुदायभित्र आर्थिक वा सामाजिक रूपमा पछाडि परेका व्यक्तिको विकास र सशक्तीकरणका लागि विशेष कार्यक्रम तर्जुमा गरी कार्यान्वयन गर्न नेपाल सरकार समक्ष सिफारिस गर्ने,
(ज) मुस्लिम समुदायको भाषा, लिपि, संस्कृति, इतिहास, परम्परा, साहित्य, कलाको अध्ययन अनुसन्धान गरी त्यस्तो भाषा, लिपि, संस्कृति, इतिहास, परम्परा, साहित्य, कलाको संरक्षण र विकासको लागि कार्यक्रम तर्जुमा गरी नेपाल सरकारलाई सिफारिस गर्ने,
(झ) मुस्लिम समुदायको हक हितको संरक्षण र सम्बद्र्धन तथा त्यस्तो समुदायको सशक्तीकरणको लागि चेतनामूलक कार्यक्रम सञ्चालन गर्ने, (ञ) सबै प्रकारको शोषणको अन्त्य गर्न र मुस्लिम समुदायको सशक्तीकरणको लागि कार्यक्रम तर्जुमा गरी नेपाल सरकारलाई सिफारिस गर्ने, (ट) मुस्लिम समुदायको सम्बन्धमा नेपाल पक्ष भएको अन्तरराष्ट्रिय सन्धि सम्झौता कार्यन्वयन भए नभएको अनुगमन गरी नेपाल सरकारलाई कार्यान्वयनको लागि आवश्यक सिफारिस गर्ने वा सुझाव दिने ,
(ठ) मुस्लिम समुदायको अधिकार उलङ्घन गर्ने व्यक्ति वा संस्थाका विरुद्ध उजुरी सङ्कलन गरी सो उपर छानबिन तथा तहकिकात गर्न सम्बन्धित निकायमा सिफारिस गर्ने,
(ड) मुस्लिम समुदायको पहिचानका सम्बन्धमा विस्तृत अध्ययन र अनुसन्धान गरी थर सूचीकृत गर्न नेपाल सरकारलाई सिफारिस गर्ने,
(ढ) मुस्लिम समुदायको भौतिक, अभौतिक संस्कृतिको संरक्षण र सम्वद्र्धनका लागि जिवित सङ्ग्रहालय स्थापना तथा उदगम् स्थलको खोज अनुसन्धान गरी त्यस्ता पुरातात्विक र ऐतिहासिक संरचना, वस्तु र स्थलहरूको संरक्षण र सम्वद्र्धनका लागि नीति तथा कार्यक्रम तर्जुमा गर्ने र कार्यान्वयनका लागि नेपाल सरकारलाई सिफारिस गर्ने,
ण) मुस्लिम समुदायको हक हितको संरक्षण, सम्बद्र्धन र सशक्तीकरणका लागि नेपाल सरकार र अन्य सङ्घ संस्थाहरूले सञ्चालन गर्ने चेतनामूलक कार्यक्रमहरूको समीक्षा, अनुगमन तथा मूल्याङ्कन गर्ने,
(त) मुस्लिम समुदायको पिछडिएको अवस्था र हालको शैक्षिक, राजनैतिक, सामाजिक तथा आर्थिक दुरावस्थाको अध्ययन अनुसन्धान गरी समुदायको विकासका लागि नेपाल सरकारलाई सुझाव दिने,
थ) आयोगका अध्यक्ष, सदस्य तथा कर्मचारीको लागि आचारसंहिता बनाई लागू गर्ने,
(द) आयोगको वार्षिक योजना र कार्यक्रम स्वीकृत गर्ने ।