(१) ऐनको दफा २६ बमोजिम कार्यालयले लेखा राख्दा सो लेखा प्रमाणित गर्ने बिल, भरपाई तथा अन्य कागजात सिलसिलाबद्ध रूपमा राख्नु पर्नेछ।
(२) भुक्तानी वा पेश्की फस्यौंटको लागि पेश हुने प्रत्येक बिल, भरपाई र सोसाथ संलग्न अन्य कागजातमा खर्च गर्ने व्यक्तिले तयार गरी महालेखा परीक्षकबाट स्वीकृत ढाँचामा पेश गर्नु पर्नेछ। त्यसरी पेश हुन आएको बिल, भरपाई तथा अन्य कागजातलाई खर्च स्वीकृत गर्ने अधिकारीले रकम भुक्तानी दिनु वा फस्याँट गर्नु अघि प्रमाणित गर्नु पर्नेछ।
(३) ऐनको दफा २६ को उपदफा (२) बमोजिम बजेटमा समावेश नभएको कारोबारको अभिलेख महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले तोकेको ढाँचामा राख्नु पर्नेछ।
(४) वैदेशिक सहायतामा सञ्चालित आयोजनाको हकमा स्वीकृत लेखा ढाँचाको अतिरिक्त महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले तोके बमोजिमको सहायक लेखा समेत राख्नु पर्नेछ।
(५) वस्तुगत सहायता, सोझै भुक्तानी, टर्न की सहायताको हिसाबको लेखा राख्ने र तत्सम्बन्धी विवरण पेश गर्ने तरिका महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले तोके बमोजिम हुनेछ।
(६) कार्यालयले राख्नु पर्ने लेखा दुरुस्त राखे वा नराखेको तथा नगद मौज्दात ठीक भए वा नभएको सम्बन्धमा महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले जुनसुकै बखत निरीक्षण गर्न सक्नेछ। त्यसरी निरीक्षण गर्दा कुनै कैफियत देखिएमा सोको प्रतिवेदन सो कार्यालयको सम्बन्धित केन्द्रीय निकायमा पठाउनु पर्नेछ।
(७) उपनियम (६) बमोजिम कैफियत सहितको प्रतिवेदन प्राप्त भएमा सम्बन्धित केन्द्रीय निकायको सचिवले सम्बन्धित कार्यालयलाई देहाय बमोजिम गरी वा गर्न लगाई त्यसको जानकारी महालेखा नियन्त्रक कार्यालयलाई दिनु पर्नेछ:- (क) नगदी वा जिन्सी मालसामानको लगत कायम गर्न छुट भएकोमा तीन दिनभित्र लगत कायम गर्न लगाउने,
(ख) नगदी वा जिन्सी मालसामानको लगत फरक गरी नेपाल सरकारलाई हानि नोक्सानी पारेकोमा लगत दुरुस्त गर्न लगाई पन्ध्र दिनभित्र नोक्सानी भएको रकम असुल उपर गर्ने,
(ग) खण्ड (ख) बमोजिम असुल हुन नसकेमा प्रचलित कानून बमोजिम सरकारी बाँकी सरह असुल गर्न सम्बन्धित निकायमा लेखी पठाउने।
(८) कारोबारको लेखा सम्बन्धमा महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले दिएको निर्देशनको पालना गर्नु सबै कार्यालय प्रमुखको कर्तव्य हुनेछ।