(१) आयोजनाको लेखाको आन्तरिक लेखापरीक्षण सम्बन्धित कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयले गर्नेछ ।
(२) उपनियम (१) मा जुनसुकै कुरा लेखिएको भएतापनि सरकारी निकाय बाहेकका संस्थाबाट सञ्चालन भएका आयोजनाको लेखाको आन्तरिक लेखापरीक्षण कोषले बाह्य विशेषज्ञ नियुक्त गरी लेखापरीक्षण गराउन सक्नेछ ।
(३) आयोजनाको अन्तिम लेखापरीक्षण महालेखा परीक्षकबाट हुनेछ ।
तर सरकारी निकायदेखि बाहेकका संस्थाको अन्तिम लेखापरीक्षण प्राविधिक समितिले तोकेको लेखा परीक्षकबाट हुनेछ ।
(४) उपनियम (१) बमोजिम लेखापरीक्षण गर्दा बेरुजु देखिएमा सो बेरुजुको लागि आयोजना कार्यान्वयन गर्ने निकायको प्रमुख र उपनियम (२) बमोजिम लेखापरीक्षण गर्दा बेरुजु देखिएमा सो बेरुजुको लागि त्यस्तो संस्थाको प्रमुख र सचिवालयको निर्देशक जिम्मेवार हुनेछ ।
(५) कोषको आय व्ययको आन्तरिक लेखापरीक्षण कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय र अन्तिम लेखापरीक्षण महालेखा परीक्षकबाट हुनेछ ।