(१) कार्यालयका कार्यालय प्रमुखले आफ्नोे कार्यालयको राजस्व, धरौटी तथा विनियोजन तर्फको आय–व्यय तथा प्रचलित कानून बमोजिम खडा भएको कार्य सञ्चालन वा अन्य सार्वजनिक कोषको आन्तरिक लेखापरीक्षण सम्बन्धित कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयबाट गराउनु पर्नेछ र कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयले समेत कार्यालयको राजस्व, धरौटी, विनियोजन तर्फको आय व्यय र प्रचलित कानून बमोजिम खडा भएको कार्य सञ्चालन वा अन्य सार्वजनिक कोषको आन्तरिक लेखापरीक्षण गर्नु पर्नेछ ।
(२) कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयले उपनियम (१) बमोजिम आन्तरि  लेखापरीक्षण गर्दा कार्यालयमा हुने आम्दानी तथा खर्च र त्यसको लेखाङ्कन प्रचलित कानूनद्वारा निर्धारित प्रक्रिया अनुरूप भए वा नभएको, वित्तीयसाधनको उपयोग मितव्ययी तवरले दक्षतापूर्वक प्रभावकारी रूपमा भए वा नभएको, स्वीकृत वार्षिक कार्यक्रम अनुरूप लक्ष्य प्राप्ति गरे वा नगरेको, वित्तीय प्रतिवेदनले आर्थिक कारोवारको सही र यथार्थ चित्रण प्रस्तुत गरे वा नगरेको र आन्तरिक नियन्त्रण प्रणाली प्रभावकारी भए वा नभएको जस्ता कुराहरूमा केन्द्रीत भई महालेखा नियन्त्रक कार्यालयबाट तयार गरी लागू गरेको आन्तरिक लेखापरीक्षण निर्देशिका अनुरूपको कार्यविधि अपनाई आन्तरिक लेखा परीक्षण गर्नु पर्नेछ ।
(३) कार्यालयले आन्तरिक लेखापरीक्षणबाट निस्केका वेरुजु अन्तिम लेखापरीक्षण हुनु भन्दा अगाडि नै नियमित गराउनु पर्नेमा नियमित गराई वा प्रमाण पेश गर्नु पर्नेमा प्रमाण पेश गरी वा असूल उपर गर्नु पर्नेमा असूल उपर गरीे बेरुजु लगत कट्टा गराउनु पर्नेछ ।
(४) तालुक कार्यालयले समेत आफू मातहत निकायको आन्तरिक लेखापरीक्षण समयमै भए वा नभएको, आन्तरिक लेखापरीक्षणबाट कायम भएका वेरुजुहरू समयमै फछर्यौट गरे वा नगरेको अनुगमन गरी समयमै आन्तरिक लेखापरीक्षण वेरुजु फछर्यौट नगर्ने जिम्मेवार अधिकारीलाई सेवा सम्बन्धी प्रचलित कानून बमोजिम विभागीय कारबाही गर्नु पर्नेछ ।
(५) कार्यालय प्रमुख आफैंले नियमित गर्न सक्नेमा आफैले नियमित गर्ने र आफैले नियमित गर्न नसक्ने रकमहरू तालुक कार्यालयमा समयमै पेश गर्नु पर्नेछ । तालुक कार्यालयले पनि नियमित गर्नु पर्नेमा समयमै नियमित गरी गराई दिनु पर्नेछ । सोध बमोजिम नगरेमा त्यसको जवाफदेही तालुक मन्त्रालय, विभाग वा सम्बन्धित कार्यालय प्रमुख हुनु पर्नेछ ।
(६) आन्तरिक लेखापरीक्षण गर्ने कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयले आन्तरिक लेखापरीक्षणबाट निस्केको बेरुजुको एक प्रति बोधार्थ तालुक कार्यालयमा पनि पठाउनुु पर्नेछ । त्यस्तो बेरुजु फछ्र्यौट गरे वा नगरेको अनुगमन तालुक कार्यालयले गर्नु पर्नेछ ।
(७) आन्तरिक लेखापरीक्षणबाट देखिएको बेरुजुको प्रमाण जुटाई अन्तिम लेखापरीक्षण हुनु अघि विशेष कारण परी फछ्र्यौट हुन नसकेमा सो कुरा समेत उल्लेख गरी अन्तिम लेखापरीक्षक समक्ष लिखित स्पष्टीकरण दिनु पर्नेछ ।
(८) आन्तरिक लेखापरीक्षणबाट निस्केको फछ्र्यौट हुन बाँकी बेरुजु उपनियम (७) बमोजिम अन्तिम लेखापरीक्षकलाई दिइनेछ । अन्तिम लेखापरीक्षण भएपछि आन्तरिक लेखापरीक्षण बेरुजु कायम रहने छैन ।