(१) परिषद्को प्रशासकीय प्रमुखको रुपमा एक जना कार्यकारी निर्देशक रहनेछ ।
(२) कार्यकारी निर्देशकको नियुक्तिको लागि नेपाल सरकार समक्ष सिफारिस पेश गर्न देहाय बमोजिमको सिफारिस समिति रहनेछ
(क) सचिव, कृषि मन्त्रालय ।
(ख) नेपाल सरकारले तोकेको परिषद्का सदस्य बाहेकका दुई जना लब्ध प्रतिष्ठित कृषि वैज्ञानिकहरू ।
(३) उपदफा (२) बमोजिमको सिफारिस समितिले कृषि अनुसन्धान परिषद् अन्तर्गत कार्यरत सक्षम र वरिष्ठ वैज्ञानिकहरू मध्ये तीनजना व्यक्तिहरूलाई कार्यकारी निर्देशकको पदमा नियुक्तिको लागि सिफारिस गर्नेछ र नेपाल सरकारले ती व्यक्तिहरू मध्येबाट एकजनालाई कार्यकारी निर्देशकको पदमा नियुक्त गर्नेछ ।
तर परिषद्मा कार्यरत वैज्ञानिकहरू मध्ये उक्त पदमा नियुक्तिको लागि उपयुक्त व्यक्ति उपलब्ध हुन नसकेमा सो पद खुला प्रतियोगिताद्वारा पूर्ति गरिनेछ ।
(४) कार्यकारी निर्देशकको पदको लागि सिफारिस हुने व्यक्तिहरूको योग्यता देहाय बमोजिमको हुनु पर्नेछ ः–
(क) कृषि सम्बन्धी विषयमा कम्तीमा स्नातकोत्तर तह उत्तीर्ण गरेको र कृषि सम्बन्धी अध्ययन तथा अनुसन्धान कार्यको कम्तीमा दश वर्ष अनुभव भएको ।
(ख) कृषि अनुसन्धान सम्बन्धी विषयमा कृतिहरू प्रकाशन गरेको ।
(५) कार्यकारी निर्देशकको पदावधि चार वर्षको हुनेछ र निज पुन चार वर्षको लागि नियुक्त हुन सक्नेछ ।
तर निजको कार्य सन्तोषजनक नभएमा परिषद्को सिफारिसमा नेपाल सरकारले निजको पदावधि सकिनु अघि नै निजलाई पदबाट हटाउन सक्नेछ ।
(६) कार्यकारी निर्देशकको पारिश्रमिक, सेवाको शर्त तथा सुविधा सम्बन्धी व्यवस्था तोकिएबमोजिम हुनेछ ।