(१) उपकुलपति प्रज्ञा प्रतिष्ठानमा पूरा समय काम गर्ने प्रमुख पदाधिकारी हुनेछ ।
(१क) उपकुलपतिको पदमा नियुक्तिको लागि सिफारिस गर्न कुलपतिबाट सहकुलपतिको अध्यक्षतामा सभाका दुईजना सदस्यहरू रहेको एक समिति गठन हुनेछ र सो समितिले विज्ञान तथा प्रविधिको क्षेत्रमा उत्कृष्ट योगदान दिएका व्यक्तिहरू मध्येबाट सिफारिस गरेको व्यक्तिलाई कुलपतिले उपकुलपतिको पदमा नियुक्ति गर्नेछ ।
(२) उपकुलपतिको कार्यकाल चार वर्षको हुनेछ । निजलाई अर्को एक पटक सोही पदमा पुन नियुक्त गर्न सकिनेछ ।
(३) सभा र परिषद्ले गरेका निर्णयहरू र निर्देशनहरू कार्यान्वयन गर्ने गराउने अभिभारा उप–कुलपतिमा रहनेछ ।
(४) यो ऐन वा यस ऐन अन्तर्गत बनेको नियम वा विनियम पालना गर्नु गराउनु उप–कुलपतिको कर्तव्य हुनेछ ।
(५) प्रज्ञाप्रतिष्ठानको सबै काम कारवाही उपर उप–कुलपतिको सामान्य नियन्त्रण रहनेछ ।
(६) उपकुलपतिको अन्य काम, कर्तव्य र अधिकार तोकिए बमोजिम हुनेछ ।
(७) उपकुलपतिको पारिश्रमिक, सुविधा र सेवाका अन्य शर्तहरू तोकिए बमोजिम हुनेछ ।
(८) यो ऐन वा यस ऐन अन्तर्गत बनेको नियम वा विनियम अन्तर्गत कुनै काम कारवाई तुरून्तै नगरी नहुने भन्ने उपकुलपतिलाई लागेमा उपकुलपतिले त्यस्तो काम कारवाई गर्न सक्नेछ र निजले त्यसको सूचना सकभर चाँडो सभालाई दिनु पर्नेछ ।